Sinds kort monitort NEO automatisch de aanwezigheid van alle boomkronen in de provincies Gelderland en Overijssel. NEO heeft een geavanceerde methodiek hiervoor ontwikkeld in samenwerking met Wageningen Environmental Research (Alterra). In opdracht van de provincies Gelderland en Overijssel wordt halfjaarlijks gecontroleerd of een boomkroon nog aanwezig is, of inmiddels verdwenen is. Als basis voor de monitoring wordt het Boomregister gebruikt voor de geometrie van de boomkronen, en satellietbeelden van SPOT6 en 7 om de aanwezigheid van de bomen te controleren.

Het resultaat is een polygonenbestand met locaties waar individuele bomen of boomgroepen verdwenen zijn. Door deze locaties slim te vergelijken met o.a. kapmeldingen, Natura2000 gebieden en eigendomsgrenzen worden verdachte situaties gefilterd. Op deze manier wordt de handhaver ondersteund met objectieve meldingen van verdachte situaties, inclusief een exacte locatiebepaling en alle relevante informatie uit het Boomregister, zoals boomhoogtes en oppervlak van de boomkronen.